Die Schulleitung ist für die personelle, pädagogische, organisatorische und administrative Führung der Schule sowie für die Planung der Weiterentwicklung der KSZ verantwortlich.

Ihre Aufgaben und Kompetenzen sind in der Verordnung über die Kantonsschule vom
4. Dezember 2007 (BGS 414.111, §16) geregelt.

Die Schulleitung setzt sich aus fünf Mitgliedern zusammen:

• Die Direktion führt Peter Hörler.
• Das Gymnasium Unterstufe führt Christian Steiger.
• Das Gymnasium Mittelstufe führt Thomas Unternährer.
• Das Gymnasium Oberstufe führt Franziska Eucken-Bütler.
• Die Wirtschaftsmittelschule führt Markus Pallor.